По совету разработчика для принудительной перезагрузки в файле /var/spool/cron/crontabs/root добавил строку 0 1 * * * /usr/sbin/asterisk -rx"core restart now" > /dev/null 2> /dev/null
И отключил в настройках перезапуск АТС каждую ночь. Проблем с загруженостью АТС стало меньше, и по ощущениям всё работает, но в на вкладке перезагрузка висят звонки прошлых периодов. И меня это смущает.